El edificio que alberga al Museo tiene una larga y singular trayectoria. Construido en el último tercio del siglo XIX; originalmente se lo conoce como "Casa de la Temperancia", puesto que por muchos anos es empleado como reclusorio de alcohólicos y, después, de manera secuencial funciona como cárcel de varones, hospicio de ancianos e indigentes, hogar infantil, escuela de trabajo y centro de salud. En 1978, el Estado Ecuatoriano a través del Ministerio de Salud transfiere la edificación al Municipio local en la alcaldía del Dr. Pedro Córdova A.

Al año siguiente, el Banco Central y la Municipalidad firman un convenio que permite su restauración y adaptación a nuevo uso, proceso realizado por el Arquitecto Patricio Muñoz Vega, quien respeta al máximo las características y elementos arquitectónicos de uno de los mas bellos espacios de la ciudad, transformado en museo en 1981.

Su serena fachada coronada por la torre del antiguo campanario, se abre al interior por medio del gran portón de ingreso. La disposición interna de la vieja casa está articulada en torno a un cuerpo central, recinto de la antigua capilla, hoy convertida en auditorio, a partir del cual se accede a las áreas circundantes en las que están ubicadas las salas de exposición, las oficinas de administración, biblioteca y demás servicios. En síntesis, un hermoso contenedor, lleno de zonas verdes, corredores, pasadizos, un conjunto equilibrado y tranquilo que se acopla maravillosamente a su contexto urbano.

Sus primeros fondos provienen de la donación del extinto pintor cuencano Luis Crespo Ordóñez, quien al momento de la fundación de la Entidad entrega una selección de sus mejores obras. Posteriormente el Museo incrementa sus colecciones de arte contemporáneo, con obras de connotados artistas de diferentes latitudes, quienes exhiben sus creaciones en este ámbito a lo largo de casi un cuarto de siglo de continua actividad, orientada por su Directora Eudoxia Estrella 0.

El Museo de Arte Moderno, instituye y organiza la Bienal Internacional de Pintura, certamen que en el transcurso del tiempo consolida su presencia a nivel continental. De igual forma crea el "Salón Nacional de Escultura" y el "Salón de Maestros"

Al momento su fondo artístico asciende a 310 pinturas de gran calidad estética, 25 esculturas, 23 obras pictóricas que corresponden a los premios de las diferentes ediciones de la Bienal de Pintura y 60 obras infantiles.

Estos logros hacen del Museo de Arte Moderno, un Centro de reconocido prestigio en la difusión y promoción del Arte Contemporáneo.

Objetivos y metas

Los objetivos fundamentales del Museo son:

- La educación, la difusión y la promoción del arte plástico en sus múltiples manifestaciones: pintura, escultura, fotografía, grabado, instalaciones, video, etc., y su principal meta |es lograr el involucramiento de la ciudadanía en los procesos culturales contemporáneos, sin desligarse de un aspecto fundamental en la estructura social de nuestro pueblo: el reconocimiento y valoración de una verdadera identidad, que nos permita proyectarnos con autenticidad a un mundo globalizado.